Après de nombreux essais j'ai pu me rendre compte que les deux dernières versions de l'AjaxControlToolkit releasées pouvaient poser problème.

La version 30512 pose problème avec les TabContainer pour lesquels on crée dynamiquement des TabPanes.
Imaginons que l'on créé des TabPanes en fonction d'une sélection dans des DropDownList, il peut arriver que l'on se retrouve avec des erreurs javascript sur le "onChange" d'une des DropDownList.

Ce problème est corrigé dans la version 30930 mais cette dernière pose problème avec les ModalPopupExtender.
En effet si l'on met des Textbox dans une ModalPopup en vue de faire une saisie utilisateur, la valeur entrée se retrouve avec une virgule en première position lors du postback (si l'on saisit "hello" dans la Textbox, après postback Textbox.Text se trouve être ",hello" ... problèmatique quand même.

Ma solution : télécharger les sources des deux versions, et copier tous les fichiers du répertoire Tabs de la version 30930 dans le dossier Tabs de la version 30512 et recompiler le toolkit version 30512 avec ces nouveaux fichiers. Je ne met pas ici la version que je me suis compilée et je vous invite à vous rentre sur le site CodePlex dédié :

Site AjaxControlToolkit
Télécharger la Version 30930
Télécharger la Version 30512